派系纷争是国民党长期以来一直无法解决的顽症，其党内派系林立，互相争执，党同伐异，有时甚至不惜牺牲党的整体利益以满足派系利益，从而在相当程度上影响到国民党的执政能力。此种派系矛盾与冲突在战后仍然继续存在，主要表现为代表党务系统利益的CC系和代表行政官僚利益的政学系之间的矛盾。此外，出于对形势的不同考虑，CC系又和代表军方利益的黄埔系联手，主张对中共持强硬态度，反对主张对共缓和的政学系和在蒋介石身边有一定影响的部分高级官员；出于对官僚资本把持国营企事业获取巨额经济利益之愤懑，国民党内多数派别均反对官僚资本之代表人物宋子文、孔祥熙等。派系间之纵横捭阖，往往随形势的变化和利益的转换而重新分化组合，更加剧了派系纷争的长期性和复杂性。蒋介石本人对派系矛盾纷争的态度常常暧昧不定。他惟一需要保持的是自己在所有派系之上的独尊地位，为此他需要保持派系之间的平衡，运用派系，而非完全消灭派系。他的以我划线、任人唯亲的举措，对国民党派系之形成和凝聚力之涣散也有着不容忽视的影响。战前表现十分明显的中央与地方派系的矛盾，随着抗战时期国民党中央对西南、西北的经营，战后一时未得表现，而以隐性化面目存在；但随着国民党统治能力的急剧衰颓和蒋介石个人声望的持续下降，至蒋介石下野前后，又得以凸显，并以桂系和中央系的矛盾为焦点。就战后国民党内的派系纷争而言，因为多发生在高层，外人不得其详，影响多涉及国民党的决策，而对基层活动的影响尚未十分彰显。真正从上而下广泛影响到国民党各级组织及其活动的是所谓党团之争。