杨秀清则借此滥用权力，常“突言天父附体”；为显示其威风，甚至不惜将对付敌人的酷烈刑罚滥施于太平天国军民，“时兴大狱”“株连累累”“重则点天灯，五马分尸，轻则斩首”，以示其严刑峻法，“以眩神奇”，致使部属畏悚不安。
燕王秦日纲帐下一名牧马人因为礼节不周，触犯了杨秀清的一个“同庚叔”，竟被处以五马分尸。杨秀清患目疾，却“作天父下凡状”，迁怒“各姐妹不知敬天父”所致，传令各馆女子，背赞美诗，“不能（背）者杖”。还借故诛戮女官，“挖其眼，割其乳，然后剖其心，枭其首，谓出天父意。”
本来，拜上帝教强调斩邪留正，主张消灭敌人，保护天国军民，其爱憎立场鲜明。如今，杨秀清等却把诛杀矛头错误地转向天国军民，以此树立自己的独裁权威。上帝本来是给军民带来幸福和希望的天父，现在却成了喜怒无常，动辄杀戮无辜子女的暴君。杨秀清的残酷行径，可以说已经严重损害了上帝圣洁慈善的伟大形象。
三是拜上帝教成为太平天国领导人争权夺利的工具。在太平天国定都天京后，领导集团内部的理解、支持与顾全大局的人际关系逐渐疏淡。首义诸王各有亲信心腹，派系逐渐形成。为了保持与扩展权力，他们“彼此暌隔，猜忌日生”，权力斗争也因此不时发生。