西域都护府的这五十四个州，将划分为了十八个道，每一道依然下设三个州，任命宋濂、高启、黄子澄、齐泰、杨士奇、杨溥、杨荣、解缙、孔融、陈琳、石韬、崔钧、孟建、司马徽、王导、董昭、杨廷和、方孝孺这十八名顶级文臣，为西域都护府十八个道的巡抚。
因为西域都护府的地盘，扩大了一倍都不止，并且西域都护府以后又与西方大陆的欧罗巴帝国相邻，所以刘基决定在西域都护府再组建三个新的军团，分别为高昌军团、车师军团和安息军团，这三个军团的名字，直接取自被破虏军吞并的原西域三大强国。
高昌军团、车师军团和安息军团都下设八个卫，每个卫由三个骑兵旅和两个步兵旅所组成，每个军团的总兵力大约在一百六十万左右。
高昌军团的统帅为王猛，高昌军团的军师为徐庶；车师军团的统帅为常遇春，车师军团的军师为庞统；安息军团的统帅为陈庆之，安息军团的军师为陶侃。