2月，因察觉鲁苏皖边区游击军副总指挥李长江准备投伪，新四军第1师攻占姜堰、苏陈庄等处和李长江部的驻地泰州。日军为救援李部，进逼泰州。新四军第1师于21日撤出泰州。4月，第1师攻克泰州、如皋间的古溪、蒋垛等据点。
2月18日，新四军第3师第9旅攻克青阳镇（今泗洪县县城），经40余天作战，恢复了皖东北根据地中心区。7月20日，日军围攻盐城新四军军部。新四军主动撤出盐城。28日，日军占阜宁。其间，23日，新四军第1师围攻姜堰和泰州，日伪军回援泰州时新四军第3师乘机于29日收复阜宁。8月9日，第1师、第3师分5路反攻盐城地区，收复建阳（今建湖县）的湖垛（今建湖镇）、上岗和盐城东南的裕华等镇，9月上旬击退日军“扫荡”。
从1940年11月开始，日军对苏南新四军进行“扫荡”，日伪军在华中进行“清乡”。1941年7月、9月，日军对茅山根据地地区进行“扫荡”，苏南行政区专员巫恒通重伤被俘，汉奸周佛海劝降遭斥责，巫拒医绝食，壮烈殉国。11月28日，伪军合击溧阳塘马地区新四军第16旅旅部，该旅经10余次冲杀，大部突围，但旅长罗忠毅、旅政委廖海涛等牺牲。