当政治、军事、舆论等方面的准备逐渐就位之后，袁世凯对革命派不再示以怀柔，而是公开展示武力威胁。1913年5月3日，袁世凯发布总统令，声称：据报“有人在沪运动第二次革命，谆劝商家助捐求饷，反对中央”，据此明切宣示，昭告国民：“本大总统一日在任，即有捍卫疆土，保护人民之责，惟有除暴安良，执法不贷。为此，令行各省都督、民政长，转令各地方长官，遇有不逞之徒，潜谋内乱，敛财聚众，确有实据者，立予逮捕严究。”其后直督冯国璋等袁系大将联名通电，指名攻击“黄兴、李烈钧、胡汉民等，不惜名誉，不爱国家，谗说殄兴，甘为戎首。始以宋案牵诬政府，继以借款冀逞阴谋。”声称：“倘有不逞之徒，敢以谣言发难端，以奸谋破大局者，定当戮力同心，布告天下，愿与国民共弃之。”此举表明北洋派已准备与革命派摊牌，动武之势已成。6月9日，袁世凯以李烈钧“措置乖方”、“不称厥职”、“无术维持”、“不孚众望”为由，下令免其江西都督职务，任命黎元洪兼署领江西都督（后由江西护军使欧阳武代理）。随后，又在6月14日调胡汉民为西藏宣抚使，任命陈炯明为广东都督；30日调柏文蔚为陕甘筹边使，任命孙多森为安徽民政长兼署都督。袁世凯以免去革命派反袁中坚之赣、粤、皖督之举动，向革命派发起了公开挑战。