由于官办学校的发展，也由于第二次鸦片战争后传教士活动扩展所引起的流血的民众暴动，传教士们开始更加重视教育活动，并在课程设置上加大了普通知识及科技训练的比例。这在1870年天津教案后尤为明显。新教的教会学校所拥有的学生在1877年为600人，到1890年，其在学人数便达16836人。[9]天主教会学校的学生人数在此时更达25000人。高等教育机构也设立了。开设这类机构，首先是因为需要传教的人。1843年设立了一个大型的耶稣会神学院，1858年又对其进行了改组。山东登州的新教的神学院则建于1864年。但到19世纪80年代，教育目的更为一般的其他类型的高等学校也出现了。
描述欧洲教育制度的专家的研究著作也出版了。这类著作中的第一本，也是具有重要影响的一本，是1873年出版的《德国学校考略》，作者是著名的德国传教士花之安（恩斯特·法贝尔博士）。著名的数学家李善兰在此书前言中作了这样的评论：普鲁士最近的军事胜利应归功于其士兵所受的教育，它鼓励他们为理想和原则而战。该书强调义务教育及在全国各地开办大量学校，尤其是职业学校的重要性。